Vườn Quốc gia Hoàng Liên có 2.847 loài thực vật bậc cao, chiếm 25% loài thực vật đặc hữu tại Việt Nam, trở thành kho tàng lưu giữ nguồn gen cây rừng quý, hiếm bậc nhất trong các vườn quốc gia ở nước ta.