Khu bảo tồn thiên nhiên được thành lập theo Quyết định 194/CT ngày 09/8/1986 của Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng (nay là Thủ tướng Chính phủ), với diện tích ban đầu là 5.000,0ha. Năm 1994, luận chứng kinh tế kỹ thuật KBTTN Hoàng Liên đã được Chi cục Kiểm lâm tỉnh Lào Cai chủ trì xây dựng quy hoạch Khu bảo tồn có diện tích 29.845,0 ha và đã được Bộ Lâm nghiệp (nay là Bộ Nông nghiệp và PTNT) thẩm định ngày 05/01/1994. Ngay trong năm 1994, Ban quản lý KBTTN đã được thành lập theo Quyết định số 39/QĐ-UB của Uỷ ban nhân dân tỉnh Lào Cai và trực thuộc Chi cục Kiểm lâm Lào Cai. Năm 1997, luận chứng kinh tế kỹ thuật được điều chỉnh lại, khu vực Than Uyên được quy hoạch trực thuộc Ban quản lý rừng phòng hộ Sông Đà. Diện tích khu Bảo tồn thiên nhiên khi đó chỉ còn 19.991,0 ha. Năm 1998, ranh giới khu Bảo tồn lại được điều chỉnh thêm một phần của xã Bản Hồ và diện tích khi đó là 24.658,0ha.
Do tính chất đặc biệt về mặt địa lý và giá trị đặc trưng về đa dạng sinh học, cũng như các giá trị tự nhiên khác, nên Khu bảo tồn thiên nhiên Hoàng Liên đã được chính thức chuyển hạng thành Vườn Quốc gia Hoàng Liên theo Quyết định số 90/2002/QĐ-TTg ngày 12/7/2002 của Thủ tướng Chính phủ với tổng diện tích là 29.845ha. Tiếp đó ngày 13/9/2002 UBND tỉnh Lào Cai đã ra Quyết định số 391/2002/QĐ-UB ban hành quy định, vị trí, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức bộ máy của Vườn Quốc gia Hoàng Liên tỉnh Lào Cai. Ngày 27/09/2002 Chủ tịch Uỷ ban nhân dân tỉnh Lào Cai ra Quyết định số 3274/2002/QĐ-UB, về việc thành lập Ban quản lý Vườn quốc gia Hoàng Liên trực thuộc UBND tỉnh.
Kết quả rà soát lại 3 loại rừng năm 2006, Thủ tướng chính phủ phê duyệt một số công trình trọng điểm và gần đây nhất ngày 23/5/2013 Ủy ban nhân dân tỉnh Lào Cai ban hành Quyết định số 1255/QĐ-UBND phê duyệt quy hoạch bảo tồn và phát triển bền vững Vườn Quốc gia Hoàng Liên giai đoạn 2013 – 2020 theo đó Tổng diện tích tự nhiên VQG Hoàng Liên sau trong đó phần địa giới hành chính tỉnh Lào Cai là 21.009ha nằm trên địa giới hành chính 4 xã Bản Hồ, Tả Van, Lao Chải và San Xả Hồ huyện Sa Pa.(Tính cả diện tích đất xây dựng văn phòng làm việc của VQG Hoàng Liên, Trung tâm Cứu hộ, bảo tồn và Phát triển sinh vật Hoàng Liên, Trung tâm Du lịch sinh thái và Giáo dục Môi trường Hoàng Liên, 7 điểm trạm bảo vệ rừng thuộc VQG Hoàng Liên quản lý). Phần địa giới hành chính tỉnh Lai Châu là 7.500,ha nằm trên địa giới hành chính 2 xã Phúc Khoa và Trung Đồng của huyện Tân Uyên.
Phần diện tích 28.509ha được quy hoạch làm 03 phân khu, trong đó: Phân khu bảo vệ nghiêm ngặt 10.848,45ha chiếm 38,05% tổng diện tích tự nhiên của VQG Hoàng Liên, trong đó : thuộc tỉnh Lào Cai là 6.227,21ha, thuộc tỉnh Lai Châu là 4.621,24ha; Phân khu phục hồi sinh thái là 17.607,87ha chiếm 61,76% tổng diện tích tự nhiên của VQG Hoàng Liên, trong đó: thuộc tỉnh Lào Cai là 14.729,17ha, thuộc tỉnh Lai Châu là 2.878,70ha ; Phân khu hành chính dịch vụ là 52,68ha chiếm 0,18% tổng diện tích tự nhiên của VQG Hoàng Liên, trong đó diện tích thuộc tỉnh Lào Cai là 52,68ha.
Về Cơ cấu tổ chức bộ máy VQG Hoàng Liên, trong suốt quá trình hoạt động, kể từ khi thành lập cho tới khi chuyển hạng thành VQG, Ban quản lý mới chỉ có 14 cán bộ, trong đó có 04 kiểm lâm kiêm nhiệm và 10 cán bộ trực tiếp; trình độ cán bộ gồm 05 kỹ sư lâm nghiệp, còn lại là cán bộ trung cấp. Cơ cấu các phòng ban đơn giản, bao gồm Ban giám đốc 02 người, một Ban quản lý dự án, còn lại là khối văn phòng gồm: Kế hoạch, kỹ thuật, tổ chức hành chính và tài vụ. Cũng trong suốt thời gian này KBTTN không có Hạt Kiểm lâm, vì vậy công tác xử lý các vụ vi phạm luật bảo vệ rừng còn rất hạn chế. Với thực trạng cơ sở hạ tầng được tiếp quản từ một trạm kiểm lâm cũ (nay là Trạm đón tiếp khách du lịch sinh thái Cát Cát) và trang thiết bị phục vụ công tác chuyên môn của KBTTN còn thiếu thốn đã gây khó khăn rất lớn trong công tác quản lý bảo vệ 24.658,0ha rừng, bởi vì trong ranh giới Khu bảo tồn quản lý có 19 thôn bản, đặc biệt có 05 thôn (Séo Mý Tỉ, Dền Thàng, Tả Trung Hồ, Séo Trung Hồ, Ma Quái Hồ) nằm sâu trong vùng lõi của KBT.
Trải qua quá trình hình thành và phát triển, hiện nay Vườn Quốc gia Hoàng Liên đã có 123 cán bộ. Trong đó có 16 người có trình độ thạc sĩ, 69 người có bằng đại học, 07 có người bằng cao đẳng, 24 người có bằng trung cấp và 05 người sơ cấp, 02 lái xe. Công tác trong 03 phòng, 03 đơn vị trực thuộc, Công chức, viên chức Vườn Quốc gia Hoàng Liên được đào tạo tại các cơ sở đào tạo trong và ngoài nước, vì vậy khả năng về chuyên môn, ngoại ngữ và tin học về cơ bản đã phần nào đáp ứng được yêu cầu làm việc chuyên môn. Trong giai đoạn này được sự quan tâm của Thường trực, UBND tỉnh Lào Cai, các sở ban ngành và chính quyền địa phương, bằng các nguồn vốn đầu tư từ các chương trình dự án trong nước và quốc tế, hệ thống cơ sở hạ tầng và vật chất trang thiết bị của Vườn Quốc gia Hoàng Liên đã được đầu tư xây dựng phần nào cũng đã đáp ứng được những nhiệm vụ cơ bản trong thời điểm hiện tại./.